本研究利用11个微卫星标记对采自青海省东部地区的13个喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)种群149个个体进行基因分型，并运用种群遗传学方法对其遗传多样性和遗传结构进行分析.结果显示，11个微卫星标记位点共计检测到97个等位基因，各种群的平均观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.58~0.82和0.60~0.79，种群遗传多样性水平相对较高;遗传结构分析表明，青海省东部地区的喜马拉雅旱獭种群具有显著的遗传结构，13个地理种群形成了3个遗传聚类群，且3个遗传聚类群与湟水河和黄河上游干流所划分的地理单元完全一致，因此我们认为湟水河和黄河上游干流是阻碍该地区喜马拉雅旱獭种群进行迁移扩散和基因交流的天然屏障.同时，STRUCTURE分析结果还显示3个遗传聚类群间仍有明显的基因流，AMOVA分析也显示3个聚类群间变异百分比为6.60%，仅略高于聚类群内种群间的变异(4.51%)，而远低于种群内变异水平(88.90%)，表明3个聚类群间的分化程度并不是很深.这说明喜马拉雅旱獭可能通过桥梁或在枯水期等穿越河流进行基因交流.以上结果为该地区的旱獭种群监控和鼠疫防控提供科学的理论基础.